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消化道恶性肿瘤教育部重点实验室陈鲲淇研究员等发表RNA修饰相关工作于《Nucleic Acids Research》

来源:科学技术处发布日期:2022-11-11访问次数:10

     202211月,消化道恶性肿瘤教育部重点实验室陈鲲淇研究员与西交利物浦大学魏震、黄戴博士合作,在《Nucleic Acids Research发表研究论文:DirectRMDB: a database of post-transcriptional RNA modifications unveiled from direct RNA sequencing technology。该工作提供了在线平台DirectRMDB,整合了三代测序(Oxford Nanopore Direct RNA Sequencing)及八种RNA修饰检测技术,使便捷的查询RNA异构体上的特异性修饰成为可能。


目前基于下一代测序(NGS)的修饰谱分析方法对RNA修饰检测还存在提升空间,因此需要对特定修饰类型进行选择性化学处理或抗体免疫沉淀方法。同时,这些方法还面临阅读长度短、异构体歧义、偏差和人工制品的问题。由Oxford Nanopore technologies (ONT)商业化的直接RNA测序(DRS)技术能够直接查询单个转录本中存在的任何给定修饰,并有望解决之前基于NGS的方法的局限性。研究团队提出了第一个基于ONTRNA修饰定量图谱数据库DirectRMDB,其中包括16种修饰类型和总共904,712个修饰位点,来自39个独立研究的25个物种。除了现有数据库采用的标准功能,如基因注释和转录后关联分析外,还提供了RNA修饰的新研究途径:以一种异构体特异性的方式探索转录组。DirectRMDB数据库可在http://www.rnamd.org/directRMDB/免费使用。

消化道恶性肿瘤教育部重点实验室为该论文的第一单位,陈鲲淇为本文最后通讯作者,该工作得到国家自然科学基金、福建医科大学以及西交利物浦大学的资助。

 

  原文链接:https://doi.org/10.1093/nar/gkac1061

   DirectRMDB a database of post-transcriptional RNA modifications unveiled from direct RNA sequencing technology.pdf